這個磁異常區域的擴大給太空飛行器造成了不小的麻煩，由於其區域很大，緯度比較低，除了極小傾角軌道衛星外，大部分太空飛行器都會經過該區域，比如哈勃望遠鏡的軌道為540千米，傾角28.47°，軌道週期為95.42分鐘，每天至少一次通過該區域，經過SAA區域（南大西洋磁異常區域）哈勃觀測設備關閉。
國際空間站的軌道傾角為51.6°，中國空間站的軌道傾角41.58度，對通過南大西洋磁異常區域必須做防輻射加固。否則就會讓在軌太空飛行器出現像「瞳」衛星那樣的故障，除了日本的X射線觀測「瞳」衛星外，美國2007年Globalstar衛星失效也被認為是SAA的原因，另外在2012年10 月，對接於國際空間站的SpaceX CRS-1龍飛船在通過SAA區域時也遇到了短暫的異常。
正常情況下SAA都足以讓太空飛行器發生故障，真可以稱得上「太空百慕達」，假如在太陽活動高峰期，又疊加太空飛行器經過該區域，想想也是後怕，希望正在太空工作的太空人們都平安無事。